Główną wadą darmowych oraz ogólnodostępnych systemów CMS jest to, że wgląd do kodu źródłowego takiego systemu ma każdy. Oznacza to w konsekwencji, że każdy może wyszukać ewentualne błędy i niedociągnięcia, które zdarzają się wszędzie. Jest to wykorzystywane przez hakerów oraz innych ludzi, którzy chcą mieć z tego korzyść. Jak wygląda sprawa w przypadku Joomli? Na pewno jest podobnie, jednak projekt ten jest ciągle aktualizowany i poprawiany. Jeśli wyjdzie na jaw, że system posiada jakąś wadę oraz błąd jest on natychmiast naprawiany i wypuszczana jest łatka lub nowa wersja skryptu. Poza tym Joomla jest stosunkowo bezpiecznym oraz dopracowanym systemem zarządzania treścią. W obecnych, stabilnych wersjach nie zdarzają się już włamania wynikające z błędu jądra systemu. Częściej dzieje się tak z powodu błędów w użytkowaniu i eksploatacji tego CMS'a oraz z powodu wgrania dziurawych dodatków oraz komponentów. Należy mieć to na uwadze i jeśli coś niepokojącego dzieje się z naszym systemem prześledzić to i przeanalizować logi serwera.