System zarządzania treścią, aby spełniał nasze warunki musi być odpowiednio skonfigurowany i ustawiony. Czasami może być to bardzo podstawowa konfiguracja, ale czasami bardzo zaawansowana, z którą nie każdy może sobie poradzić. Wszystko oczywiście zależy pod jaki typ strony będziemy konfigurować Joomlę oraz jakie mamy wymagania. Główna konfiguracja to ułożenie menu oraz schematu serwisu. Przejawia się to przede wszystkim stworzeniem odpowiednich sekcji oraz kategorii. Możemy zmienić także między innymi ustawienia globalne np. pokazywanie ikonki PDF itp. Warto zmienić również wygląd adresów URL w ustawieniach głównych oraz jeszcze kilka parametrów. Musimy aktywować lub dezaktywować odpowiednie moduły, które albo będą nam potrzebne, albo nie będą. Jest to bardzo ważne. Ponadto musimy rozłożyć określone moduły np. sondę w określonych miejscach w szatach graficznych. Konfigurować można dosłownie wszystko, większość podstawowych informacji z panelu administracyjnego, jednak często należy zajrzeć również w pliki, co jest średnim rozwiązaniem niestety.